Cùng với công cuộc đổi mới kinh tế xã hội ở Việt Nam từ năm 1986, trong hệ thống giáo dục đại học Việt Nam cũng triển khai nhiều đổi mới. Mùa hè năm 1987, Bộ Đại học và Trung học Chuyên nghiệp triệu tập các hiệu trưởng và bí thư Đảng ủy các trường đại học về dự một hội nghị ở Nha Trang. Hội nghị đã thảo luận kế hoạch cải cách bao gồm bốn tiền đề đào tạo: Đào tạo không chỉ cho các cơ quan nhà nước mà còn cho cả các thành phần kinh tế; đào tạo theo dự báo về yêu cầu nhân lực trong tương lai; đào tạo phục vụ nhu cầu học tập của người dân, không kèm trách nhiệm phân công, sinh viên tự tìm việc làm; đào tạo đa dạng, có cả những loại hình đào tạo phi chính quy, không chỉ bằng ngân sách nhà nước mà còn thu học phí. Một trong những mục tiêu quan trọng của việc đổi mới giáo dục đại học tại Việt Nam thời gian này là tăng cường khả năng cung ứng của các cơ sở giáo dục, mở rộng tối đa cơ hội tiếp cận cho người học. Để đạt mục tiêu này, rất nhiều biện pháp đã được thực hiện, kết quả là số lượng người học cũng như các cơ sở giáo dục đại học của Việt Nam đã tăng lên một cách đột biến. Cũng trong thời kỳ này, chính quyền Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam bắt đầu sửa đổi chính sách phân loại "13 hạng thanh niên" trong tuyển sinh.[5] Hội nhị cũng chủ trương triển khai trong các trường đại học quy trình đào tạo 2 giai đoạn và môdun-hoá kiến thức. Theo chủ trương đó, học chế học phần đã ra đời và được triển khai trong toàn bộ hệ thống các trường đại học và cao đẳng tại Việt Nam từ năm 1988 và quy chế này vẫn được áp dụng tới ngày nay (tồn tại song song với Phương pháp đào tạo theo hệ thống tín chỉ được áp dụng dè dặt từ năm 1993 và được chú trọng từ năm học 2005-2006). Học chế học phần có các đặc điểm cơ bản:

1. Bản chất của học chế này sự tích lũy dần (accumulation) kiến thức.
2. Kiến thức được module hóa thành các học phần. Học phần là một module kiến thức tương đối trọn vẹn và không quá lớn (thực chất học phần là một môn học nhỏ, tương ứng với thuật ngữ subject của Mỹ) có thể lắp ghép với nhau để tạo nên một chương trình đào tạo dẫn đến một văn bằng, người học có thể tích luỹ dần trong quá trình học tập.
3. Để đo lường kiến thức theo khối lượng lao động học tập của người học, khái niệm đơn vị học trình đã được đưa vào[8], đơn vị này về bản chất đồng nhất với khái niệm tín chỉ (credit) của Phương pháp đào tạo theo hệ thống tín chỉ của Hoa Kỳ. Theo quy định thì một chương trình dẫn đến bằng cử nhân 4 năm phải có khối lượng 210 đơn vị học trình.
4. Để làm cho các chương trình đào tạo mềm dẻo, có ba loại học phần được quy định: học phần bắt buộc phải học, học phần lựa chọn theo hướng dẫn của nhà trường và học phần tự chọn tuỳ ý. Ngoài ra cũng có quy định về việc được học thêm ngành đào tạo chính (major), ngành đào tạo phụ (minor) hoặc thêm văn bằng thứ hai.
5. Với tinh thần tích lũy kiến thức, mỗi học phần được đánh giá bằng một điểm (theo thang mười bậc) là kết quả tổng hợp của các đánh giá bộ phận và của một kỳ thi kết thúc. Có quy định điểm tối thiểu cần đạt được (thường là điểm 5) để xem như học phần được tích lũy. Kết quả học tập chung của học kỳ, năm học hoặc khóa học được đánh giá bằng điểm trung bình chung: đó là điểm trung bình của các học phần đã tích lũy với trọng số là số đơn vị học trình của từng học phần.

Để đảm bảo sự thống nhất chung của quy trình đào tạo trong toàn bộ hệ thống giáo dục đại học, Bộ giáo dục và đào tạo ban hành các Quy chế khung về đánh giá kết quả học tập, xét lên lớp, tốt nghiệp, để căn cứ vào đó từng trường đại học, cao đẳng xây dựng quy chế đánh giá kết quả học tập riêng của mình. Do sự vận dụng khác nhau tùy theo điều kiện và trình độ của từng trường, học chế học phần được thực hiện ở mỗi trường có các sắc thái khác nhau: khác nhau về mức độ thông tin cung cấp trước cho sinh viên về chương trình đào tạo, khác nhau về mức độ có sẵn các học phần để lựa chọn ở các trường, để học thêm các ngành đào tạo chính, ngành đào tạo phụ hoặc văn bằng thứ hai...[9]

Học chế học phần ở Việt Nam cũng có cùng bản chất, đã chứa một số yếu tố của học chế tín chỉ của Mỹ, đó là tích lũy dần kiến thức được môđun hóa. Tuy nhiên, do những khó khăn về đời sống trong xã hội thời kì bao cấp nói chung và trong các trường đại học nói riêng, tính linh hoạt của nó chưa cao,chưa tận dụng triệt để các ý tưởng làm mềm dẻo quy trình đào tạo của Phương pháp đào tạo theo hệ thống tín chỉ. Do đó nó được gọi là sự kết hợp giữa học chế niên chế và học chế tí chỉ. Mặc dù vậy, trong giai đoạn 1986-2003, giáo dục đại học của Việt Nam chỉ chú trọng đến việc tăng cường nguồn lực (chủ yếu thông qua học phí do người học đóng góp và kinh phí cấp từ ngân sách nhà nước), mà chưa quan tâm đúng mức đến vai trò quan trọng của cơ chế, năng lực lãnh đạo và quản lý của toàn hệ thống để giám sát và đánh giá hiệu quả của việc sử dụng nguồn lực để đạt được mục tiêu mong muốn. Sau gần hai thập niên đổi mới với tỷ lệ ngân sách dành cho giáo dục tăng lên đều đặn, chất lượng giáo dục đã không những không tăng lên mà còn giảm sút.

Giáo dục đại học Việt Nam trải qua chuyển biến lớn vào đầu thập niên 1990 với sự ra đời của loại hình cơ sở giáo dục đại học được gọi là "đại học",[10] gấn giống mô hình viện đại học hay university; mỗi "đại học" được thành lập trên cơ sở sáp nhập một số trường đại học đơn ngành đơn lĩnh vực.

Năm 2004 là mốc thời gian đánh dấu bước ngoặt của sự phát triển trong quản lý chất lượng giáo dục đại học của Việt Nam. Trong năm này, một loạt các văn bản quản lý nhà nước ở tầm quốc gia đã khẳng định rõ chủ trương đổi mới quản lý bằng cách áp dụng kiểm định chất lượng, một cách làm xuất phát từ nền giáo dục đại học Hoa Kỳ và đang trở thành một phương thức quản lý chất lượng được áp dụng rộng rãi trên thế giới từ thập niên 1990. Quy định tạm thời về kiểm định chất lượng trường đại học của Bộ Giáo dục và Đào tạo được ban hành sau gần 2 năm dự thảo và lấy ý kiến góp ý của các trường đại học và các chuyên gia trong và ngoài Việt Nam. Với quy định này, lần đầu tiên trong lịch sử giáo dục của mình, Việt Nam đã có được một bộ tiêu chuẩn rõ ràng, cơ bản xác định được các yêu cầu về chất lượng liên quan đến sứ mạng, mục tiêu, cơ cấu, điều kiện nguồn lực, và các mặt hoạt động của một trường đại học. Tiếp theo, trong vòng gần 3 năm từ năm 2005 đến giữa năm 2007, 20 trường đại học Việt Nam, gồm 18 trường công lập cùng 2 trường dân lập được xem là thuộc tốp đầu trong hệ thống đại diện cho các khu vực địa lý trên toàn quốc, đã được chọn để thí điểm đánh giá theo bộ tiêu chuẩn đã ban hành. Sau khi áp dụng với 20 trường, bộ tiêu chuẩn tạm thời đã được điều chỉnh, bổ sung để trở thành bộ tiêu chuẩn chính thức được Bộ Giáo dục và Đào tạo Việt Nam ban hành vào tháng 11/2007.